Om de eigen collectie doeltreffend te kunnen onderzoeken heeft Het Scheepvaartmuseum 5 onderzoeksthema's vastgesteld. Deze thema's sluiten aan bij de bestaande collectie, de aanwezige expertise en de vijf hoofdthema's van de collectiestrategie.
1. Varenslui
Het museum gaat zijn collectie gerichter onderzoeken op het aspect: maatschappelijke positie van zeelui en binnenschippers. Meer kennis over aanwezigheid van relevant materiaal in de collectie is gewenst met het oog op de gewenste meer mensgerichte presentaties, publieksprogramma's en publicaties.
2. Waterrecreatie
In Nederland hebben een half miljoen mensen een boot en het Nederlandse landschap is uniek door de combinatie van een hoge mate van verstedelijking met vele redelijk beschutte binnenwateren. Het museum richt zich op twee onderzoeksvragen, te weten de sociale geschiedenis van het Nederlandse pleziervaartuig vanaf de zeventiende eeuw tot heden en de popularisering van de watersport in de twintigste eeuw, met nadruk op de watersportcultuur.
3. Kunst en scheepvaart
Vanaf de oudste tijden hebben mensen hun visie op scheepvaart en varenslui op kunstzinnige wijze verbeeld. Het resultaat is een omvangrijke hoeveelheid Nederlands materieel erfgoed in maritieme maar ook kunstmusea in Nederland én in het buitenland (bijvoorbeeld Greenwich) en in bezit van particulieren. Het gaat hier om de wisselwerking tussen scheepvaart en de productie van kunst en scheepvaart.
4. Nederlanders en de vreemdeling
Zeevaart is per definitie internationaal. De Nederlandse ontdekkingsreizigers, zeelieden, soldaten of emigranten ontmoetten voortdurend 'vreemdelingen', als collega's, handelspartners, overwinnaars of slachtoffers, vrienden of vijanden. De collectie reisliteratuur en andere drukwerken en handschriften uit de vroegmoderne periode is omvangrijk evenals cartografie, literatuur over navigatie en navigatie-instrumenten. Het museum doet onderzoek naar het totale referentiekader (kennis, mentaliteit) van Nederlandse ontdekkingsreizigers en zeelieden ten opzichte van hun bestemmingen en andere volkeren vanaf het einde van de 16e eeuw.
5. Innovatie in de Nederlandse scheepsbouw
Het museum heeft een omvangrijke collectie technische tekeningen en bibliotheekcollecties afkomstig van scheepswerven en over de Nederlandse scheepsbouw in het algemeen. Hiermee is tot op heden weinig gedaan. De collectie toont de snelle modernisering in de scheepsbouw vooral na 1880, maar is nog weinig gebruikt in het kader van de algemene modernisering van Nederland in de negentiende eeuw en daarna.
